ATCC 菌种库采用多种专业保藏技术确保菌种的活性和稳定性。其中，冷冻干燥保存法是先将微生物冷冻，然后利用升华现象除去水分，使细胞的生理活动停止，从而达到长期维持生命状态的目的，该方法适用于绝大多数微生物菌种，包括噬菌体和立克次氏体等。液氮低温冻存也是常用方法之一，能将菌种保存在极低温度下，延长其保存时间。此外，还有传代保存法，对于一些不能采用冷冻干燥等方法的菌种，通过定期转接、培养来保存，但这种方法存在一些缺点，如菌种管棉塞容易发霉、菌株遗传性状易变异、反复传代后病原性和形成生理活性物质的能力降低、需要定期转种工作量大且杂菌污染机会较多。液体石蜡覆盖保存法可防止干燥，通过限制氧的供给削弱微生物代谢作用，适用于霉菌、酵母菌、放线菌及需氧细菌等的保存，但某些细菌和真菌不宜采用此法。悬液保存法是将微生物混悬于适当溶液中进行保存，包括蒸馏水保存法、糖液保存法等，适用于霉菌、酵母菌及绝大部分放线菌等。